口腔黏膜与皮肤相似。主要来自于胚胎的外胚层。有些部位的黏膜来自内胚层，如舌根黏膜和口底黏膜。在胚胎第3周，原始口腔衬覆单层外胚层细胞。胚胎第5～6周时，上皮从单层变为双层。胚胎第8周时，前庭处的上皮明显增厚，以后增厚的上皮表面细胞退化，口腔前庭形成。唇黏膜与牙槽黏膜分开。

胚胎10～12周时，可以区别被覆黏膜和咀嚼黏膜区。此时硬腭和牙槽嵴处黏膜的基底细胞为柱状，胞浆内出现张力细丝，部分胞浆突入其下方中胚层。基底膜显著。出现结缔组织乳头。被覆黏膜区上皮的基底细胞呈立方状。上皮和结缔组织界面仍是平坦的。胚胎第13～20周。口腔黏膜上皮增厚，可辨别出棘细胞。桥粒已形成。咀嚼黏膜区上皮表层细胞扁平，含散在的透明角质颗粒并出现不全角化，角化在出生后6个月才出现。胚胎第12周后，黑色素细胞和朗格汉斯细胞出现，梅克尔细胞出现在第16周医学教`育网搜集整理。

舌黏膜上皮在第7周时首先出现轮廓乳头和叶状乳头，以后出现菌状乳头，味蕾很快便出现在这些乳头中。丝状乳头约在第10周出现。

口腔黏膜的发育也是上皮与间充质相互作用的结果。在口腔上皮发育的同时，其下方的外胚间叶也不断发生变化，最初的外胚间叶细胞稀疏地分布在无定型基质中，在胚胎第6～8周时，出现细胞外网状纤维聚集。被覆黏膜区的结缔组织中细胞和纤维的数量较咀嚼黏膜区者少。胚胎8～12周时，出现毛细血管芽和胶原纤维。但此时的胶原纤维无明确的方向，随胶原纤维的增加，有纤维束形成。在上皮的下方，胶原纤维束与基底膜垂直。17～20周时，被覆黏膜区的结缔组织中出现明显的弹性纤维。