脑脊液由临床医师进行腰椎穿刺采集，必要时可从小脑延脑池或侧脑室穿刺获得。穿刺后应由医师用压力测定，正常人脑脊液压力卧位为0.78～1.76 kpa （80～180 mmH2O），儿童为0.4～1.0 kpa （40～100 mmH₂O）。任何病变使脑组织体积或脑脊液量增加时，脑脊液压力均可升高。待压力测定后将脑脊液分别收集于3个无菌试管中，第一管作细菌培养，第二管作化学分析和免疫学检查医学教育网搜集|整理，第三管作一般性状及显微镜检查。每管收集1～2毫升。脑脊液标本必须立即送验及时检查，放置过外将影响检验结果，是细胞破坏、变性、或细胞包裹于纤维蛋白凝块中，导致细胞数降低、分类不准确等。存放中的脑脊液葡萄糖会分解，使之含量降低；细菌自溶或残废可影响细菌检出率等。