近几十年来，由于生物化学、遗传学、细胞生物学、分子生物学等学科的发展，以及电子显微镜、气相、液相色谱技术、免疫学技术、单克隆抗体技术、分子生物学技术的进步，促进了医学微生物学的发展。人们得以从分子水平上探讨病原微生物的基因结构与功能、致病的物质基础及诊断方法，使人们对病原微生物的活动规律有了更深刻的认识。相继发现了一些新的病原微生物，如军团菌、弯曲菌、拉沙热病毒、马堡病毒及人类免疫缺陷病毒等。

1967～1971年美国植物病毒学家Diener等发现马铃薯纺锤形块茎病的原原是一种不具有蛋白质的RNa ，分子量约为100，000，这类致病因子被称为类病毒 （Viroid）。随后在研究类病毒的过程中又发现一种引起苜蓿等植物病害的拟病毒（Virusoid）。1982年发现引起羊搔痒病的病原为一分子量27KD的蛋白，称朊病毒（Virino）。1983年有关国际会议上将这些病原因子统称为亚病毒（Subvirus）。医学`教育网搜集整理人类中亦可能存在亚病毒，例如人类的C-J病（Creutzfeldt-Jakob disease）、库鲁病（Kuru disease）等可能由朊病毒或蛋白侵染因子（Prion）引起。

近十几年来，病原微生物迅速检验诊断方法发展很快。ELISA快速检测抗原及抗体技术已被普遍应用，简化了过去繁琐的微生物学检验手续，特别是通过采用单克隆抗体，进一步提高了检测的特异性和敏感性。目前已制备出许多诊断试剂盒，其中病毒快速诊断试剂盒的广泛应用，使过去长期难以实现的病毒病的快速实验室诊断成为现实。目前许多实验室正在探索将基因探针和聚合酶链反应（PCR）用于微生物的快速检验中。