直肠长约5～6em，直肠弯曲不明显，腹膜返折处距肛门外口约2.9cm。新生儿肛管长约1.5cm，肛管肌肉发育良好，肛管外括约肌与肛门直肠环是保持括约肌功能的主要部分，损伤后会影响肛门功能。骨盆神经丛大部分由S3～4或S2～4和部分腹下神经纤维组成。内括约肌由直肠下段的直肠环肌增厚构成，有直肠纵行肌和肛提肌的纤维穿过。高位直肠肛门畸形内括约肌发育不全。外括约肌围绕肛管分成三个肌环：顶环（由外括约肌深部及耻骨直肠肌构成），中环（外括约肌组成），底环（为外括约肌下部构成）。顶、中环作用强大，切断后能引起便失禁。外括约肌收缩时顶环和底环牵拉肛管后壁向下，中环将肛管向后牵拉，使肛门闭合，以对抗内括约肌的松弛，当外括约肌松弛时粪便排出。低位肛门直肠畸形内外括约肌发育均正常。