多发生在肾移植术半年以上，是影响患者长期存活的主要因素之一。其临床表现和实验室检查酷似慢性肾小球肾炎，主要表现为肾功能渐进性损害，血肌酐逐渐升高，并伴有蛋白尿、高血压和贫血，移植肾体积缩小，皮质变薄。慢性排斥反应的发生机理尚不明确，可能是免疫性和非免疫性肾单位进行性损伤和减少所致，病理改变为肾间质纤维化，肾小管萎缩，肾小动脉狭窄且闭塞，使肾小球丧失功能。慢性排斥反应目前尚无方法逆转，是移植肾失去功能的最主要原因。
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