德国肠出血性大肠杆菌感染疫情持续蔓延，特别是传染源至今仍未查明，这让德国人开始反思本国疾病防控体系存在的问题。专家和媒体批评比较集中的一点是，德国医疗卫生事务由各州分而治之的联邦制管理体系造成疫情应急反应不力。

    信息源太多，民众无所适从。德国《时代》周报网络版发表评论说，本次德国疫情的应急管理一团糟。有太多的机构、官员和专家介入，同时又缺乏疫情中央监控机制。先是德国联邦机构宣布西红柿、黄瓜、生菜等与患者发病密切相关，并告诫民众忌生吃这些蔬菜，其后又有汉堡官员宣布在几根西班牙黄瓜上发现肠出血性大肠杆菌。最终实验室检验证实，西班牙黄瓜虽然带菌，但并不是造成本次疫情的特殊菌株。感染不断蔓延，各方面的专家学者、各州官员和联邦官员又纷纷对媒体发布各种信息和见解。民众不安、迷惑心理不减反增。

    病例汇总不够及时。《时代》周报报道，尽管按法律规定发生肠出血性大肠杆菌感染需要报告，但各地卫生局往往并不能及时上报疑似或确诊病例，而且病例首先要上报各州卫生主管当局，后者又会拖一段时间才将各地最新疫情汇总上报给联邦公众传染病预防与监控主管机构——罗伯特。科赫研究所。这种分级上报机制造成罗伯特。科赫研究所汇总的确诊或疑似病例总数严重滞后。

    病菌基因研究缺乏统一快速协调。本次德国疫情致病菌基因研究方面的一件怪事是，据报道最先完成病菌基因组测序的是远在万里之外的中国深圳华大基因研究院。而且这家机构得到这一任务也事出偶然：德国汉堡—埃彭多夫大学医学院的细菌专家罗德在食堂吃饭时遇上了在汉堡作客座研究员的一名中国科学家。据后者介绍，华大基因拥有的先进基因测序设备可帮助德方快速完成基因测序。于是由这名中国学者牵线搭桥，华大基因接到了任务，并在3天内就完成了测序。其实，德国明斯特大学医院卫生研究所早些时候就已初步确认了本次疫情致病原的特性，并也在同时进行基因测序研究，但其基因测序结果的公布比中方晚了半天。

    临床资源尚需整合。本次德国不少重病区医院应急机制承压已近极限，病床和用于治疗的血浆供应逐步趋于紧张。同时由于这次造成疫情的特殊大肠杆菌未曾在世界任何地方有大规模“作案前科”，在德国暴发时又在患者病程发展等方面表现出了与以往肠出血性大肠杆菌感染明显不同的特点，德国各医院并没有针对这种病菌对症下药的现成经验可循。为了治疗救人，各医院不得不采取诸如注射抗体等非常规试验疗法，取得了不少经验。面对这种复杂的局面，德国并没有某个全国性的机构出面协调，最终还是由德国各大医院自发组织起了网上交流平台，分享治疗经验，协调病床、血浆供应等。