红斑皮疹 发生率较高者有听力减退、耳鸣或耳部饱满感(耳毒性)，血尿、排尿次数减少或尿量减少、食欲减退、极度口渴(肾毒性)、步履不稳、眩晕(耳毒性、影响前庭)、恶心或呕吐(耳毒性、影响前庭、肾毒性)。发生率较少者有呼吸困难、嗜睡或软弱(神经肌肉阻滞，肾毒性)。停药后发生听力减退、耳鸣或耳部饱满感，提示可能耳毒性并需引起注意。可有听力及肾损害.可引起胃肠道反应：恶心,呕吐,食欲不振,腹胀,腹泻.偶有过敏反应,皮疹,药热等.严重者可有休克死亡.也可有神经系统症状,心肌抑制,呼吸衰竭等。过敏反应药热和皮疹并不常见，其发生率在1％～3％之间；但嗜酸粒细胞增多症则相当多见，可达10％，尤其当疗程超过1周时。过敏性休克偶有所见，国内曾报道1例因溃疡病穿孔注射卡那霉素引起过敏性休克，经抢救恢复，改用庆大霉素无不良反应。

神经系统，耳蜗神经 本品应用中最重要的不良反应为影响耳蜗神经，患者高频听力首先受损害，以后听力减退逐渐发展至耳聋。耳鸣和耳部饱和感为早期而重要的第8脑神经损害的先兆征候。听力减退大多在疗程中发生并继续进展，但停药后仍可能发生，特别在原有肾功能减退者。卡那霉素引起的听力减退大多为双侧性，停药后部分患者症状可能逐渐减轻。易诱发耳毒性的有关因素有：①原有肾功能减退者；②血药浓度较长时间持续在30μg/ml以上；③疗程较长。总量不超过15g时一般不至发生耳毒性症状，每日肌注1g，连续30～150天，发生听力损害者可高达40％；④年老患者；⑤过去曾患中耳炎或原有听力减退；⑥过去曾用过氨基糖甙类等耳毒性药物或同时合用强力利尿剂及其他耳毒性药。

据统计：采用卡那霉素治疗时临床耳毒性的发生率约5％。新生儿与早产儿中应用卡那霉素后发生耳毒性者较少，据报道成人常用量(15mg/kg/天)在儿童中常不能达到有效血浓度，因而主张小儿的用量应增加为每次10mg／kg，每8小时肌注一次。虽然如此，卡那霉素在小儿中仍应慎用。本品引起的耳蜗神经损害停药后仍可继续发展，卡那霉素的耳毒性较链霉素、庆大霉素等为大，但低于新霉素。葡萄糖酸钙可以缓解呼吸抑制 本品在疗程中引起前庭系损害者并不多见。本品与链霉素、新霉素相同，也可阻滞神经肌肉接头而引起呼吸抑制，在乙醚麻醉下于腹腔内给药较易发生，肌注或静注后亦有发生者。神经肌肉接头的阻滞尚可引起心肌抑制及血压下降等。用葡萄糖酸钙静注可使部份病例恢复。此外，本品尚可引起暂时性第9对脑神经功能损害(表现为后1/3味觉丧失)、口周及其他部位的感觉异常、头痛、不安、心动过速、急性脑综合征伴癔病和视觉异常等。

泌尿系统本品亦可引起肾脏损害，其对肾脏的毒性低于新霉素而大于链霉素。尿中可出现透明管型与颗粒管型，有时有少量红、白细胞，蛋白尿偶有所见，多为短暂性，少数患者尤其老年者可发生肾功能减退；也有个别发生少尿、急性肾坏死的报道。卡那霉素引起的肾脏病变为可逆性，停药后可迅速恢复，病变严重者恢复较慢或部份恢复。

消化系统口服偶可引起恶心、呕吐、腹泻，长期服用后偶可引起吸收不良、脂肪下痢等。[其他]本品肌注局部疼痛的发生率较高，一般多能耐受。偶可引起白细胞减少，凝血酶原时间延长、纤维蛋白原减少及高血压等。二重感染(由绿脓杆菌或其他革兰氏阴性杆菌、耐药性金黄色葡萄球菌、拟杆菌属等引起)偶有所见。