“十一五”期间，艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项有序推进，取得了一批具有自主知识产权的阶段性成果，新发突发传染病应急能力显著增强，初步建立了重大传染病防控科技支撑体系。

　　重大传染病防治专项的目标是：降低艾滋病、病毒性肝炎和结核病发病率、病死率，提升应急处置及综合防控能力。“十一五”期间，专项分两批课题实施。第一批集中落实“艾滋病”、“病毒性肝炎”、“结核病”和“能力建设”领域中以独立课题研究为主的研究任务；第二批以“能力建设” 领域中的8个综合技术平台项目、5个综合防治示范区及10个研究现场项目为主，紧密结合传染病防控实践，强化顶层设计，优化资源配置，取得了显著成果。

　　5年来，我国艾滋病防治水平进一步提高。初步建立了符合国际标准和我国国情的艾滋病病毒（HIV）检测体系，HIV感染血清学筛查窗口期从3周缩短至2周以内，提高了血液安全水平，降低了艾滋病的感染率。儿童抗艾滋病一线和二线治疗方案进一步优化，在临床试验的人群中，儿童艾滋病病死率由2003年的38.3/100人年降低到目前的0.71/100人年。成人艾滋病一线治疗方案付诸实施，其副作用显著降低，费用仅为进口药物方案的1/12.

　　在病毒性肝炎防治领域，成功研制了60微克的高剂量乙肝疫苗，一针注射的效果可达80%以上，有望大幅降低乙肝的新发感染率。同时，建立了个体化的人工肝治疗、人工肝联合肝移植治疗线路图，使乙型重型肝炎病死率下降20%以上。加大免疫剂量的乙型肝炎疫苗免疫新策略还将应用于“十二五”国家乙型肝炎防治规划。

　　在能力建设方面，着重开展传染病的检测技术和实验室监测标准化技术的研究，为发展传染病应急决策分析的先进工作模式建立支撑技术。目前，我国传染病监测技术平台项目整合了全国优势资源，形成了由14个牵头实验室、75个合作实验室和242个哨点医院组成、跨区域、跨部门、跨系统的传染病监测网络实验室，促进了传染病监测与检测技术由国家级单位向省、市级单位的转移，实现了传染病应急检测能力由点到面的提升。我国成为世界上第一个成功开发、率先应用自主研发的甲型H1N1流感疫苗的国家，在控制大流感疫情中发挥了重要支撑作用，得到世界卫生组织的充分肯定。2009年底，世界卫生组织将中国国家流感中心认定为发展中国家唯一的国际流感参比实验室。

　　通过专题研究、建立实验室网络、公用技术平台、产学研用联盟、传染病防治综合示范区等形式，有效集成了跨部门、跨学科优势力量，形成多方联动的网络化技术保障体系，初步建立了传染病防控科技支撑体系。综合防治示范区初步实现了各类资源的区域性集中，部署了5个综合示范区和10个单病种现场研究课题，基础条件建设取得重要进展。为建立“重心下移、关口前移、依靠科技、预防为主”的传染病防治模式进行了有益探索。

　　据介绍，“十一五”期间，我国传染病防治专项投入总经费约34亿元，其中中央财政投入约30亿元，其他渠道投入累计超过4亿元。传染病防治专项吸引凝聚了近万人的科研队伍，其中有长江学者39人，杰出青年基金获得者67人，百千万人才38人。