鹅掌楸在自然条件下，种子饱满率一般不到15%，而种子发芽率仅在5%以下，造成这种低结实率的原因是多方面的。

鹅掌楸为虫媒花植物，但花色单调，花瓣为绿色，缺乏对多数昆虫的招引力，花期又一般多在4－5月份，正值长江流域多雨季节，气温变化较大，偶遇低温，妨碍了昆虫正常活动，因而也常影响花粉的传播和受精，降低了天然的结实率。樊汝文、尹增芳、周坚等系统观察了鹅掌楸的花芽分化以及果实成熟达到整个发育过程。鹅掌楸属雌雄同株同花，通常雌蕊早熟于花瓣展开之前，而这时雄蕊尚未成熟，存在自花授粉隔离机制；花瓣展开后，柱头又很快变褐，可受气极短，雌雄配子败育现象普遍存在，且存在花粉管生长受阻，胚和胚乳发育不协调等现象。故生殖生物学障碍是导致鹅掌楸结实率低而濒危的主要原因。

除上述由于花部构造特化和受精过程的遗传障碍而大大地降低天然结实率外，现存种群达到规模极小，资源配置不合理，长期异交繁殖在基因库中必然积累大量隐性有害基因，居群内个体间近交系数增大，而发生自交，遗传漂变等也影响种群生存能力。又根据Parkws和Wendel对来自安徽、江西鹅掌楸种子同功酶分析，中国鹅掌楸遗传多样性水平低于北美鹅掌楸。这些也在一定程度上影响了自然结实率。

再从生态角度分析，贺善安等认为原由适生环境已遭严重破坏，鹅掌楸长期处于非适宜生境中，也是导致该物种趋向濒危的原因之一。