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人禽流感的预后与感染的病毒亚型有关，感染H₉N₂、H₇N₇者，大多预后良好；而感染H₅N₁者预后较差，据目前医学资料报告，病死率约为50%.

影响预后的因素除与感染的病毒亚型有关外，还与患者年龄，是否有基础性疾病，治疗是否及时，以及是否发生并发症等有关。临床表明，以儿童死亡率最高。