亚麻子含粘胶及油，故有润滑、缓和刺激的作用，可用于治疗局部炎症。对其内服治疗消化道、呼吸道及泌尿道炎症，尚有不同意见。亚麻油有轻泻作用。亚麻苦甙对小肠的分泌、运动功能据云有调节作用；此甙可产生氰酸。本植物之氰酸含量可达0.17～1.5%；氰酸含量在O.008～0.08%时，对牲畜即属危险。制亚麻油或亚麻纤维时 ，可因其中含有某种刺激性物质，引起非过敏性皮炎。

亚麻油含多量不饱和脂肪酸，故用来预防高脂血症或动脉粥样硬化，但在动物（兔）身上长期饲以亚油酸，对血胆甾醇水平、动脉的粥样病变并无特殊的保护作用（较向日葵油之效果差），临床效果也不显著。