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反映致癌物对于靶子或相类似部位所造成的损害，这些损害可能与肿瘤有关。这类标记很多，但最终能完全证明它与肿瘤发生的因果关系的标记为数尚不多。这类标记常用的有姐妹染色体交换（接触多种工业毒物、电离辐射）、微核形成（有机溶剂、重金属、吸烟、咀嚼摈榔）、染色体畸变（工业毒物、电离辐射、大气污染物）、次黄膘吟磷酸核糖转移酶（肿瘤化疗药物、电离辐射）、MN血型糖蛋白（GPT）突变（肿瘤化疗药物、电离辐射）；肿瘤抑制基因（例如p53突变、黄曲霉毒素）、癌基因活化（多环芳烃、吸烟）等。
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