肺炎链球菌治疗上一个重要的考虑是其耐药问题。自20世纪90年代以来肺炎链球菌对青霉素、大环内酯类、SMZco等耐药日渐增加，现已成为全球性威胁。在我国其耐药率近年来增长亦很快。肺炎链球菌耐药与其临床预后关系的研究表明，仅在高水平耐药（青霉素MIC≥4μg/ml）时才影响预后。因此目前推荐凡青霉素MIC≤2μg/ml的敏感和中介菌株感染仍可选择高剂量青霉素G、阿莫西林、氨苄西林或头孢菌素中的头孢丙烯、头孢呋辛、头孢曲松、头孢噻肟以及头孢泊肟等对肺炎链球菌有良好抗感染活性的口服二、三代头孢菌素。在近3个月内应用过β内酰胺类的患者可选用喹诺酮类。高水平耐药株感染应选用万古霉素。疗程持续至体温正常后3～5天，不必使用过长疗程，但总疗程不短于5天。其他支持治疗和对症处理亦属重要，特别是在重症肺炎患者，应保证有效的呼吸循环支持。接种多价肺炎链球菌疫苗是被推荐的有效预防措施。