根据职责，市卫生局设6个职能科（室）。

　　（一）办公室（挂“计划财务科”牌子）

　　协助局领导组织综合调研，协调、督促各科室的业务工作，制定并组织贯彻执行局机关各项工作制度，负责全市卫生事业有关重要文件的起草，医|学教育网搜集整理综合提出贯彻全省卫生工作方针和我市卫生政策，组织开展卫生改革与发展宣传工作，负责会议组织、文电处理、机要保密、行政事务、新闻和宣传、档案管理、信访、资产房产和安全保卫等后勤工作，负责漳州卫生信息的编印和组织协调卫生新闻报道。承办本局计划财务科日常工作任务。

　　（二）人事科

　　负责局机关及直属卫生单位的机构编制、人事劳动、干部培训、人才交流、离退休服务等管理工作，负责全市卫生专业技术人员中初级职称的考试、资格认定及高级职称的评审与推荐工作，负责直属科级卫生单位的领导班子和后备干部队伍建设，承办援外医疗和对外劳务合作，做好直属卫生单位因公出国人员的管理工作；研究拟定医学教育发展规划，指导中专医学教育及负责全市成人医学教育管理工作。

　　（三）医政科（挂“中医科”牌子）

　　研究指导全市医疗机构改革，拟定全市医疗机构发展规划，组织实施监督管理医疗机构管理法规、政策、标准、规范及医务人员执业标准细则、服务规范；监督医疗机构的医疗质量和服务质量，依法监督管理血站的采供血及临床用血质量；受理医疗事故的鉴定申请和处理；协助各级人民政府和有关部门对重大人员伤亡事故组织紧急救护；研究拟定本市重点医学科技发展规划；推进中医药的继承与创新；医|学教育网搜集整理协调和指导中医药科研攻关和科技成果的普及应用；规划指导中医药人才的培养。

　　（四）疾病控制科

　　拟定本市传染病、地方病、慢性非传染疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施，并监督实施；组织对重大传染病、地方病的综合防治；组织调度全市的卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延。

　　（五）基层卫生与妇幼保健科

　　研究拟定全市农村卫生、社区卫生服务的发展规划和服务标准，并实施监督管理；制订妇幼卫生和提高出生人口素质工作的发展规划、政策措施和技术标准，指导并监督我市初级卫生保健条例和母婴保健专项技术的实施；会同有关部门制订计划生育卫生标准；负责妇幼保健技术服务质量监督和管理；研究城市基层卫生服务体系的改革，统筹协调健康教育工作。

　　（六）卫生法制与监督科

　　负责卫生行政复议和卫生执法的监督。依法对全市公共卫生、劳动卫生、食品卫生、学校卫生、放射卫生及化学保健品、预防用生物制品、消毒器械等行使监督权，负责管理协调全市卫生监督执法队伍开展执法工作。依照技术监督的法律、法规制订全市医疗卫生机构计量监督管理办法，医|学教育网搜集整理配合市技术监督局对全市医疗机构的计量达标和计量认证的审核等工作。

　　机关党委。负责机关及下属单位的党群工作。

　　根据有关规定派驻的纪检组与监察室合署办公，按照《党章》和《行政监察法》履行职责。