（一）根据党和国家卫生工作的方针、政策，结合新疆实际，研究提出自治区卫生事业发展规划和战略目标并监督实施。
（二）研究提出自治区卫生资源配置标准，医学教|育网搜集整理统筹规划与协调全区卫生资源配置，制定社区卫生服务发展规划和服务标准，指导卫生规划的实施，对卫生工作实行全行业管理。
（三）贯彻执行有关卫生工作的法律、法规、规章，拟定地方性卫生法规、规章、技术规范并监督实施。
（四）制定传染病、地方病、职业病、慢性病和其他重大疾病防治规划及防治措施并组织实施。
（五）研究制定农村卫生、妇幼卫生工作规划和政策措施，指导初级卫生保健规划和母婴保健专项技术的实施工作。
（六）依法监督管理血站、单采血浆站的采供血及临床用血质量。
（七）依法监督管理食品、职业、环境、放射、学校卫生；按规定组织制定食品、化妆品、消毒药剂、消毒器械、一次性使用的医疗卫生用品的管理办法。
（八）研究指导医疗机构改革；根据国家医务人员执业标准、医疗质量标准和服务规范，负责医务人员执业注册及医疗服务质量的管理；负责全区卫生技术人员职称评审工作。
（九）制定和管理全区重点医学科学研究、医学教育和科技发展规划，组织重大医药卫生科研的攻关、新技术开发推广，指导医学科技成果的普及应用工作。
（十）贯彻中西医并重的方针，协调有关部门共同发展全区的现代医药和传统医药（中医药、民族医药）事业。
（十一）统筹协调自治区爱国卫生工作，制定自治区爱国卫生工作方针政策并组织实施；开展全民健康教育，动员全社会参与爱国卫生工作；组织对重大疾病的综合防治工作。
（十二）组织开展全区卫生人员的职业道德教育和法制教育，医学教|育网搜集整理促进卫生行业社会主义精神文明建设。
（十三）建立与完善全区卫生信息、统计系统，管理卫生统计与信息工作。
（十四）促进发展政府和民间卫生技术交流、合作及对外交流活动。
（十五）在自治区人民政府的统一领导下，组织调度全区卫生技术力量，协调政府有关部门对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疾病的发生、蔓延。
（十六）制定全区卫生人才发展规划和卫生人员职业道德规范，配合有关部门共同制定卫生机构编制标准，组织实施卫生技术人员的资格认定工作。
（十七）负责自治区保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作。
（十八）承办自治区人民政府交办的其他事项。
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