根据职责，卫生厅设11个职能处（室）：

　　（一）办公室

　　负责厅机关政务工作，督促检查机关工作制度的落实；负责重要会议的组织和会议决定事项的督办；负责人大建议和政协提案的办理；负责文秘与公文管理、办公自动化、重要文件的起草、新闻发布、政务信息、机要、保密、档案、信访、保卫和接待工作；负责局机关财务报账和资产管理等行政事务工作。

　　（二）人事处

　　负责厅机关和直属单位的机构编制、干部人事、劳动工资、出国政审及专业技术职务的管理工作；承办厅党组管理的领导班子和领导干部的考察、选拔、任免的具体工作和日常管理工作；组织实施目标责任制和考核、奖惩工作；负责拟定全省人才发展规划和干部教育培训及人才开发工作；医学教|育网搜集整理组织开展机关和直属单位思想政治工作，指导精神文明建设；负责离退休人员的管理工作。

　　（三）规划资金处

　　编制全省卫生事业发展规划，指导区域卫生规划工作，统筹规划与协调全省卫生资源配置；编制省级卫生财务预算、决算，对卫生事业经费使用进行监督管理；管理厅直属单位的财务工作和国有资产；监督厅直属单位基建年度计划的执行；负责全省医疗卫生机构服务价格管理、监督工作；组织实施国家卫生装备标准，审批全省大型医用设备；负责编制全省基层医疗单位基本建设、装备计划并监督实施；协调利用国外贷款的工作。

　　（四）卫生法制与监督处（省卫生监督局）

　　拟订全省卫生立法规划，组织协调地方卫生法规、技术规范、标准的拟定工作并监督实施；负责卫生行政复议和对卫生执法的监督；监督管理传染病防治和食品、职业、环境、放射、学校卫生；监督实施食品、化妆品、消毒产品、保健用品等与健康相关产品质量管理规范并负责认证工作。

　　（五）基层卫生与妇幼保健处

　　拟订全省农村卫生、社区卫生服务发展规划和服务标准，组织初级卫生保健规划的实施；指导城市基层卫生服务体系的改革，拟订全省妇幼卫生和提高出生人口素质工作的发展规划、医学教|育网搜集整理政策措施和技术标准；监督母婴保健专项技术的实施；负责全省妇幼卫生工作的行业管理和业务指导，统筹协调健康教育工作。

　　（六）医政处

　　组织全省医疗机构改革，制订全省医疗机构发展规划、管理政策、办法和机构标准、执业标准、执业资格、服务规范并监督实施；监督医疗机构的医疗质量和服务质量，负责医疗机构内部药事工作和新药临床研究基地的监督管理；依法监督管理血站、单采血浆站的采供血及临床用血质量；负责全省医疗急救，协助有关部门对重大人员伤亡事件组织紧急救护；负责医疗纠纷、医疗事故的处理工作。

　　（七）疾病控制处（省爱国卫生运动委员会办公室）

　　拟订全省传染病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施，组织对重大传染病的综合防治；组织调度技术力量，对突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延；负责计划免疫工作；承办省爱国卫生运动委员会的日常工作。

　　（八）科技教育处

　　研究拟定全省重点医学科技发展规划，确定我省卫生科技优先发展领域，拟定我省医学基础研究、重大疾病研究、应用研究政策和措施，组织研究医学卫生技术标准；组织医药卫生科研攻关，负医学教|育网搜集整理责医学新技术引进和推广；负责卫生科技交流；拟定全省医学教育发展规划和成人医学教育、继续教育管理办法，指导高中等医学教育和省属医学院校的教学工作。

　　（九）对外交流合作处

　　负责全省卫生方面对外交流合作的归口管理和组织协调；负责制订对口来陕外宾的接待计划和接待工作；负责援外医疗队的选派和管理工作；负责卫生机构出国团组的申报工作和全省卫生机构邀请的外国医学专家学者及科技合作、技术交流的管理工作。

　　（十）中医处（省中医管理局）

　　负责贯彻执行中医工作的政策、法规，拟订全省中医事业发展规划，并监督实施；负责中医医疗、科研、教育工作，规划、指导和协调全省中医医疗、科研教学机构的结构布局及运行机制的改革，拟定全省各类中医医疗、保健机构等管理规范和技术标准并监督执行；对中医医疗、预防、保健、康复、护理及临床用药等进行监督和业务指导，执行中医行业中医人员执业资格制度；研究和指导全省中西医结合工作，医学教|育网搜集整理拟定有关管理规范和技术标准；组织实施全省中医药科研、技术开发以及重大中医药科技成果的奖励、推广、保密工作；组织拟定全省中医药教育发展规划，负责中医药学术经验的继承、整理、研究工作；安排中医卫生经费和基建经费，并负责组织实施和监督检查。

　　（十一）地方病防治处（省地方病防治领导小组办公室）

　　负责全省碘缺乏病、大骨节病、克山病、地方性氟中毒、地方性砷中毒、鼠疫、布鲁氏菌病的防治管理工作；负责组织拟定地方病防治法规、防治规划、年度计划和技术标准并组织实施；组织协调有关部门参与地方病防治活动。

　　机关党委按党章规定设置。

　　纪检组、监察室按有关规定设置。