根据职责，省卫生厅设10个职能处（室）：

　　（一）办公室

　　协助厅领导组织综合性政策调研，拟定全省卫生工作重大政策，负责综合协调机关政务工作，制订厅机关各项工作制度和管理制度，负责会议组织、秘书事务、机要保密、机关财务、行政事务、新闻和宣传、资产、房产、信息、统计、档案管理及信访、保卫工作。

　　（二）规划财务处

　　研究提出全省卫生事业发展规划，统筹规划与协调全省卫生资源配置；负责全省卫生信息统计、年报汇总的管理；指导区域卫生规划工作；拟定卫生财务管理规范，研究提出卫生服务价格建议，执行国家卫生装备标准，协调国外卫生贷款的利用工作；对直属单位的计划、财务、基建、国有资产等进行监督管理，负责组织直属单位法定代表人的离任审计；负责全省性的卫生、血防专项经费的管理。

　　（三）卫生法制与监督处

　　拟定地方性卫生立法规划，组织协调地方性卫生法规、规章、技术规范、标准的拟定；负责卫生行政复议和对卫生执法的监督；监督管理传染病、地方病、职业病防治和食品、职业、环境、放射、学校卫生，监督实施食品、化妆品质量管理规范并负责认证工作；负责健康相关产品检验机构和公共卫生监测、检验机构的认定；负责对全省卫生执法监督工作的指导协调。

　　（四）基层卫生与妇幼保健处

　　研究拟定农村卫生、社区卫生服务的发展规划和服务标准，指导初级卫生保健规划的实施；研究城市基层卫生服务体系的改革；实施妇幼卫生和提高出生人口素质工作的发展规划、政策措施和技术标准；监督母婴保健专项技术的实施；统筹协调健康教育工作。

　　（五）医政处（干部保健处）

　　研究指导医疗机构改革，拟定医疗机构的发展规划、管理法规和服务标准，组织指导分级评审；实施医务人员执业标准和从业许可证制度；实施医务人员服务规范；对医疗机构的医疗质量和服务质量进行监督；依法监督管理血站、单采血浆站的采供血及临床用血质量；协助地方人民政府和有关部门对重大人员伤亡事件组织紧急救护；负责省保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作，制订干部保健规划，协调指导干部保健工作。

　　（六）疾病控制处

　　拟定传染病、地方病、慢性非传染性疾病及公共卫生相关疾病的防治规划和措施，组织对重大传染病、地方病的综合防治；授权发布检疫传染病和监测传染病名录及疫情；组织实施计划免疫工作，组织调度全省卫生技术力量开展救灾防病工作，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延。

　　（七）科技教育处

　　研究拟定卫生科技长远规划、年度计划和重点医学科技发展规划，拟定基础性研究、重大疾病研究、应用研究的政策和措施；组织协调医学科研攻关和科技成果的普及应用；指导直属医学院校的教学工作，协助有关部门做好医学院校的专业设置、招生计划和毕业生就业计划的有关工作；会同有关部门制订卫生系统成人教育和继续教育政策和计划工作。

　　（八）国际合作处

　　组织指导医疗卫生方面的政府与民间的多边、双边合作交流和卫生援外工作；组织参与国际组织倡导的有关卫生方面的重大活动及卫生领域的交流与合作；审核各类人员的出国手续；完成省人民政府交办的其它医药卫生外事活动。

　　（九）省血吸虫病防治办公室

　　研究拟定全省血吸虫病防治工作的中长期规划和年度计划并组织实施和监督检查，协调各有关部门做好血吸虫病防治工作，组织对基本消灭血吸虫病的县（市、区）的考核鉴定；管理直属血防单位的医疗防治和科研、宣教工作。

　　（十）人事处

　　拟定厅机关和直属单位人事管理的规章制度，负责厅机关国家公务员制度的实施和人员编制的管理；指导卫生专业技术人员的资格认定工作；研究制订卫生人才发展规划、负责直属单位的机构编制、劳动工资、人事管理及干部任免的有关工作；承办卫生系统全省性和全国性表彰的推荐工作。

　　机关党委。负责厅机关和直属单位的党群工作。

　　纪检（监察）机构按有关规定设置，人员编制在机关行政编制总额内单列。