根据职责，自治区卫生厅设10个职能处（室）：

　　（一）办公室

　　协助厅领导处理机关日常工作，协调机关政务工作；负责厅机关会议的组织、综合性材料的起草和机关文秘档案、督查保密、综合调研、机关财务、信息、信访、综合治理、医学|教育网搜集整理机关规章制度建设、对外交流与合作、新闻宣传等工作。

　　（二）人事处

　　研究制订自治区卫生人才发展规划并组织实施；指导全区卫生系统专业技术人员的资格认定工作；负责管理厅机关并指导直属单位的人事、劳动工资、机构编制、专业技术职务评聘等工作；指导卫生系统全区性表彰工作。

　　（三）科技教育处

　　研究拟定自治区重点医学科技发展规划，确定卫生科技优先发展领域；制订基础研究、应用研究的政策和措施；组织协调自治区重点医疗科技攻关，指导全区医疗科技成果的推广应用和医学科普工作；参与拟定并指导实施医学教育发展规划和成人医学教育管理办法。

　　（四）规划财务处

　　研究拟定全区卫生事业发展规划、年度计划并组织实施；指导区域卫生规划工作，统筹规划与协调全区卫生资源配置，拟定卫生财务管理规章；研究提出卫生经济政策、医学|教育网搜集整理服务价格建议和卫生装备地方标准，协调国外卫生贷款的有关工作；负责卫生统计和内部审计工作；管理厅属单位的国有资产，指导厅属单位的财会工作。

　　（五）卫生法制与监督处

　　贯彻执行国家及自治区有关卫生方面的法律、法规、规章、技术规范、标准，并监督执行；负责卫生法制建设、卫生执法监督和卫生行政复议工作；监督管理传染病防治和食品、职业、环境、放射、学校卫生，组织制订自治区食品、化妆品质量管理规范并负责认证工作。

　　（六）基层卫生与妇幼保健处

　　研究拟定全区农村牧区卫生、社区卫生服务的发展规划和服务标准，指导初级卫生保健规划的实施；研究指导城市基层卫生服务体系的改革；负责制订并指导实施妇幼卫生和提高出生人口素质工作的发展规划、政策措施和技术标准；监督母婴保健专项技术的实施；统筹协调健康教育工作。

　　（七）医政处

　　研究指导医疗机构改革，拟定医疗机构的发展规划、管理办法和服务标准，拟定医护等专业技术人员执业标准、医疗质量标准、服务规范，并监督实施；监督医疗机构的医疗质量和服务质量；依法监督管理血站等采供血机构的采供血及临床用血质量；协助地方人民政府和有关部门对重大人员伤亡事件组织紧急救护。

　　（八）中蒙医处

　　研究拟定全区中蒙医、中蒙西医结合事业发展规划、服务标准以及中蒙医务人员执业标准、服务规范；研究制订中蒙医科研开发规划并组织实施；监督中蒙医、中蒙西医结合医疗科研机构的服务质量；指导全区中蒙医人才培养、继续教育、机构改革与管理等工作。

　　（九）疾病控制处（自治区爱国卫生运动委员会办公室）

　　研究拟定自治区传染病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施，组织对重大传染病、地方病、慢性非传染性疾病的综合防治；医学|教育网搜集整理组织调度全区卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延；承办自治区爱国卫生运动委员会的日常工作。

　　（十）保健处

　　负责管理自治区保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作，组织自治区重大活动的医疗保健工作，按规定管理自治区各直属单位有关干部的医疗保健工作。

　　机关党委，负责厅机关及在呼直属单位的党群工作。