根据上述职责，省卫生厅设11个职能处室。

　　（一）办公室（外事处）

　　协调厅机关政务、事务；负责机关文秘、信访、保密、档案工作，协调机关后勤管理工作；组织参与医疗卫生方面的政府与民间的多边、双边合作交流与卫生援外工作；负责医疗卫生方面的引进项目、劳务输出等对外联系工作；负责机关和直属单位的外事活动管理。

　　（二）政策法规处

　　研究起草地方性卫生法规、政策；负责全省卫生体制改革并就重大问题进行调查研究；负责卫生行政复议工作；指导地方卫生法制建设及宣传工作。

　　（三）规划财务处

　　研究拟定全省卫生事业发展规划；组织实施卫生服务价格工作；负责对厅直单位国有资产管理；负责省本级卫生预算经费管理；提出并组织实施卫生基本建设计划；医学|教育网搜集整理组织国内外卫生贷款项目工作；负责对厅直单位的卫生审计工作；负责卫生信息统计工作。

　　（四）卫生监督处

　　研究拟定全省卫生监督工作的政策；监督实施卫生法律、法规、技术规范和标准；负责卫生执法监督工作；监督管理传染病防治和食品、职业、环境、放射、学校卫生工作；组织实施食品、化妆品质量管理规范并负责认证工作；指导全省职业病防治工作。

　　（五）基层卫生与妇幼保健处

　　研究拟定农村卫生、社区卫生服务的发展规划；指导初级卫生保健规划的实施；指导城市基层卫生服务体系的改革；组织落实妇幼卫生和提高出生人口素质工作的发展规划、政策措施和技术标准；监督母婴保健专项技术服务的实施。

　　（六）医政处

　　研究指导全省医疗机构改革；拟定医疗机构发展规划和政策；负责实施地方性医疗法规；监督管理医疗技术质量标准、医务人员执业标准、服务规范和质量的实施工作；依法监督管理血站，单采血浆站的采供血及临床用血质量；负责医德、医风建设；负责医疗事故的技术鉴定；协助市、县政府和有关部门对重大人员伤亡事故紧急救护。

　　（七）中医处

　　研究拟定中医、中药、中西医结合工作的有关政策、规章及中医药事业的发展规划；组织实施中医医疗、保健、中药、中医护理、中西医结合等人员的技术职务评定标准和执业资格标准；医学|教育网搜集整理指导和管理各类（包括个体）中医医疗保健机构；协调和指导中医医疗、科研等体制改革；指导和监督中医医疗、预防、保健、康复、护理及临床用药；指导中医药科学研究、技术开发工作；负责中医（药）重大科研课题的攻关及转化工作。

　　（八）疾病控制处（省爱国卫生运动委员会办公室）

　　研究拟定传染病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施；依法组织对重大传染病、地方病的综合防治；组织全省卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生、蔓延；协调并指导健康教育工作。承担省爱国卫生运动委员会的日常工作。

　　（九）科技教育处

　　研究拟定医学科技和医学教育发展规划、政策；指导医学科技攻关、医学科技成果的转化、普及和应用工作；指导医学教育工作；管理非独立的医学科研机构及集体、个体医学科研机构。

　　（十）保健办公室

　　负责省管保健对象以及国家领导人和重要外宾在辽宁期间的医疗保健工作。

　　（十一）人事处

　　指导全省卫生系统医务人员及行政干部队伍建设工作；医学|教育网搜集整理承办并指导机关、直属单位人事、劳动工资和机构编制的管理工作；承办直属单位领导班子和机关干部的考核任免工作。

　　机关党委负责厅机关及直属单位的党群工作。

　　设置纪检组、监察处合署办公，负责纪检和行政监察工作。