根据以上职责，省卫生厅设11个职能处（室）：

　　（一）办公室（外事办公室）

　　组织综合性政策调研和政策拟定，协调机关政务；制定厅机关各项工作制度；负责会议组织、文电处理、机要保密、档案管理、新闻宣传、政务信息、行政信访、医学|教育网搜集整理督查督办、机关事务和外事管理工作；负责厅机关财务管理。

　　（二）人事处

　　研究制定全省卫生人才发展规划；负责厅机关及直属单位干部人事、劳动工资、机构编制等工作；负责全省卫生技术人员的资格认定工作。

　　（三）规划财务处

　　研究提出卫生事业发展规划；统筹规划与协调全省卫生资源配置；指导监督各地区域卫生规划的制定和实施；指导全省卫生财务管理；负责全省国外卫生贷款的监督管理工作；研究提出医疗卫生服务价格建议；负责全省卫生信息管理和统计工作；负责指导监督直属单位财务管理及基本建设、装备、国有资产管理。

　　（四）卫生法制与监督处

　　组织协调卫生法规、规章的拟定工作；负责卫生行政复议和卫生执法的监督；开展综合性的卫生法制宣传教育；监督管理传染病防治和食品、职业、环境、放射、学校卫生；负责食品、化妆品、保健品、生活饮用水、消毒产品等健康相关产品审批、审核工作；对预防性健康检查单位进行资格认证。

　　（五）基层卫生与妇幼保健处

　　研究拟定农村卫生、社区卫生服务发展规划和服务标准；指导初级卫生保健规划的实施；研究城市基层卫生服务体系的改革；拟定妇幼卫生和提高出生人口素质发展的规划、医学|教育网搜集整理政策、措施和技术标准；监督母婴保健专项技术的实施；统筹协调健康教育工作。

　　（六）医政处

　　研究并指导医疗机构改革；组织实施医疗机构发展规划；贯彻医疗机构管理法规和服务标准；执行医务人员执业标准；研究制定并实施地方医疗质量标准和服务规范；监督医疗机构医疗服务质量；依法监督管理血站、单采血浆站的采供血和临床用血质量；协助有关地方和部门对重大人员伤亡事件组织紧急救护；负责医疗纠纷信访工作。

　　（七）疾病控制处（吉林省爱国卫生运动委员会办公室）

　　拟定传染病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施；组织对重大传染病、地方病的综合防治；组织调度全省的技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延；承办省爱国卫生运动委员会日常工作。

　　（八）科技教育处

　　研究拟定重点医学科技发展规划，确定卫生科技优先发展领域，组织协调重点医药科研攻关，指导医学科技成果的普及应用工作；组织研究医学卫生技术标准；指导医学教育工作。

　　（九）保健办公室

　　负责省委保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作，按规定管理省直各部门有关干部的医疗保健工作。

　　（十）中医药管理局

　　贯彻国家卫生、药品的有关法律、法规和国家对中医、中医中药结合、中西医结合以及民族医药的方针、政策；研究拟定全省中医、中医中药结合、中西医结合和民族医药发展战略并组织实施；规划、指导和协调中医医疗、科研、教学机构的结构布局及其运行机制的改革；监督管理各类中医医疗机构医学|教育网搜集整理；贯彻中医医务人员执业标准和服务规范；指导中医药教育及人才培养工作；管理指导中医师承教育；负责中医药科研管理及科研成果转化；组织协调中医药现代化工作；指导和协调中医药对外学术交流与技术合作。

　　（十一）老干部处

　　负责机关离退休干部的管理服务工作，指导直属单位老干部工作。

　　机关党委。负责机关及在长直属单位的党群工作。