根据《中共中央、国务院关于内蒙古自治区人民政府机构改革方案的通知》（中委〔2000〕34号）精神，设置自治区卫生厅。自治区卫生厅是主管卫生工作的自治区人民政府组成部门。

　　主要职责：

　　根据以上职能调整，自治区卫生厅的主要职责是：

　　（一）贯彻执行国家关于卫生工作的法律、法规和方针政策，并监督实施；研究拟定自治区卫生工作的有关政策、法规及规章制度，并组织实施。

　　（二）研究提出自治区卫生事业发展规划、年度计划和战略目标，组织实施国家技术规范和标准，制订我区有关规范和标准，并组织实施。研究提出自治区区域卫生规划，统筹规划与协调全区卫生资源配置，制订社区卫生服务发展规划和服务标准，并组织指导卫生规划、计划的实施。

　　（三）研究制订全区农村牧区卫生、妇幼卫生工作规划和政策措施，指导初级卫生保健规划和母婴保健专项技术的实施。

　　（四）贯彻预防为主方针，开展全民健康教育；制订对人群健康危害严重疾病的防治规划；组织对重大疾病的综合防治。

　　（五）研究指导全区医疗机构改革，制订有关执业标准、医疗质量标准和服务规范并监督实施。

　　（六）依法监督管理血站及其它采供血机构的采供血及临床用血质量。

　　（七）会同有关部门，研究拟定自治区重点医学科技、医学|教育网搜集整理教育发展规划，组织自治区重点医疗卫生科研攻关，指导医学科技成果的普及应用工作。

　　（八）对传染病防治和食品、职业、环境、放射、学校卫生等实施监督管理。组织制订食品、化妆品质量管理规范并负责认证工作。

　　（九）制订自治区卫生人才发展规划，执行卫生机构编制标准和卫生技术人员资格认定标准，并组织实施。

　　（十）组织指导自治区卫生方面的政府与民间的多边、双边合作交流和卫生援外工作。

　　（十一）贯彻中（蒙）西医并重的方针，推进中（蒙）医的继承与创新，实现中（蒙）医的现代化；指导全区中（蒙）医医疗、科研机构业务建设、科研发展和人才培养等工作。

　　（十二）承担自治区爱国卫生运动委员会的日常工作。

　　（十三）负责自治区保健委员会确定的保健对象的医疗保健管理工作，按照规定管理自治区各部门有关干部的医疗工作。

　　（十四）组织调度全区卫生技术力量，协助地方人民政府和有关部门，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生、蔓延。

　　（十五）承办自治区人民政府和卫生部交办的其他事项。