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亚急性甲状腺炎需要与甲状腺结节的急性出血、慢性淋巴细胞性甲状腺炎的急性发病寂静型或无痛性甲状腺炎及急性化脓性甲状腺炎相鉴别。在多发性结节性甲状腺肿的出血出到结节时不难鉴别，因为此时可以触及甲状腺上有无触痛的结节；而出血至单个甲状腺结节时，则鉴别较困难,上述两种类型的出血中，病变以外的甲状腺组织的功能仍然存在，其血沉少有明显升高。慢性淋巴细胞性甲状腺炎急性发病,可伴有甲状腺疼痛及触痛，但腺体多是广泛受侵犯，血中抗甲状腺抗体大多升高。患者伴有甲亢表现时需要与毒性弥漫性甲状腺肿鉴别，然而后者甲状腺摄取131碘率多是升高的，伴有甲亢的无痛性甲状腺炎及有递减的放射性摄碘率,病理示慢性甲状腺炎，而无巨细胞存在时常称为高功能甲状腺炎，与无痛性甲状腺炎的鉴别较困难，化验时血沉不增快，抗甲状腺抗体明显升高，提示为前者急性化脓性甲状腺炎时。可见到身体其他部位有脓毒病灶，甲状腺的邻近组织存在明显的感染反应，白细胞明显升高，并有发热反应。急性化脓性甲状腺炎的放射性碘摄取功能仍然存在，亚急性甲状腺炎很少需要与甲状腺广泛受侵犯的甲状腺癌相鉴别，因为二者的临床及实验室检查所见很不相同。

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