在IgH链基因重排后，L链可变区基因片段随之发生重排。在L链中，κ链基因先发生重排，如果κ基因重排无效，随即发生λ基因的重排。L链匠CDR1、CDR2和大部分CDR3由Vκ或Vλ基因片段所编码（Vκ编码95个氨基酸残基），Jκ或Jλ基因片段编码CDR3的其余部分和第四个骨架区（Jλ编码从96位到108位氨基酸）。L链无D基因片段。

（一）κ链基因的结构和重排

κ链基因是V基因片段（Vκ）、J基因片段（Jκ）和C基因片段（Cκ）重排后组成。小鼠Vκ基因片段约有250，Jκ有5个（其中4个功能），Cκ只有1个。人Vκ基因片段约有100个，Jκ有5个。Cκ也只有1个。Vκ与Cκ之间以随机方式发生重排。

（二）λ链基因的结构和重排

κ链基因也是由Vλ、Jλ和Tλ基因片段经重排后组成。小鼠Vλ基因片段有3个：Vλ1、VλX；4个Jλ和4个Cλ基因片段，分为（Jλ2Cλ2，Jλ4Cλ和Jλ3Cλ3，Jλ1Cλ1）两组。它们的基因重排比较复杂。人Vλ约有100个，至少有6个Cλ与各自的J基因片段相连，人λ链确切的重排情况还不清楚。