同种不同个体间Ig结构和抗原性的差异称同种异型（allotype）。与同种型的区别在于，同种异型的特异性只存在于同种的某些个体中，而同种型的特异性则普遍存在同一物种的所有个体。同种异型表位在C区，由同一基因位点上几个等位基因控制，反映在CH和CL上只有1～2个氨基酸的差异。这此关键氨基酸构成的同种异型抗原称为遗传标志。它包括与H链相关的Gm、Am、Em系统和与L链相关的Km系统。Gm是γ链（γ4除外）上的同种异型标志，由许多种不同抗原决定簇组成，医学|教育网搜集整理用字母或数字命名。Am为IgA2亚类α2链标志，有2种Am特异性。Km有Km1、Km2、Km3三种，是κ链C区153和191位氨基酸残基置换的结果。在入λ链中尚未发现同种异链标志。