抗原的最大之一是其免疫效应具有特异性（specificity），这种特异性在其免疫原性和反应原性两方面都表现得非常突出。例如伤寒杆菌诱导的免疫应答只能针对伤寒杆菌；志贺杆菌不能诱导出对伤寒杆菌的免疫力，与抗伤寒杆菌抗体也不发生反应。这就是传统免疫学进行免疫预防和免疫诊断的基本依据。

抗原的特异性与蛋白分子中的氨基酸种类医学|教育网搜集整理、排列顺序、特殊基因和空间构形等因素有关，甚至与其电荷性质及亲水性也有关系。但是其特异性不是平均地决定于整个分子，而是取决于分子表面几个氨基酸残基组成的特殊序列及其空间结构，称为表位（epitope）或抗原决定簇（antigenicdeterminant）。正是这些表位被淋巴细胞识别而诱导免疫应答，被抗体分子识别而发生抗原－抗体反应，这是研究抗原特异性的基础。