在凝血瀑布中，蛋白C系统主要起到抗凝的作用。具体来说，当凝血过程被激活时，蛋白C和其辅因子蛋白S共同作用于凝血酶（IIa），形成活化的蛋白C（APC）。活化的蛋白C能够特异性地灭活因子Va和VIIIa，这两种因子是凝血瀑布中非常重要的加速剂。通过抑制这些因子的活性，蛋白C系统有助于防止血液过度凝固，从而减少血栓形成的可能。

此外，蛋白C系统的激活还有助于促进纤维蛋白溶解过程，即帮助分解已经形成的血块，进一步保护机体免受血栓的危害。因此，蛋白C系统在维持正常的血液流动和预防异常的血栓形成中发挥着关键作用。