本病的主要表现是在三叉神经某分支区域内，骤然发生闪电式的极为剧烈的疼痛。疼痛如电击、针刺、刀割或撕裂样剧痛，发作时患者为了减轻疼痛而作出各种特殊动作：有的用手掌紧按患侧面部或用力揉搓痛处；有的则作一连串迅速的咀嚼动作；而另一些则相反，咬紧牙关，或迅速摆动头部或上身；还有的咬唇、伸舌、咂嘴等。发作时还常常伴有颜面表情肌的痉挛性抽搐，口角被牵向患侧。有时还可出现痛区潮红，结合膜充血，或流泪、出汗流唾液以及患侧鼻腔黏液增多等症状，称为痛性抽搐。发作多在白天，每次发作时间一般持续数秒、数十秒或1～2分钟后又骤然停止。两次发作之间称间歇期，无任何疼痛症状。只有少数病例在间歇期中在面部相应部位有轻微钝痛。当疾病的早期一般发作次数较少，持续时间较短，间歇期较长；但随着疾病的发展发作愈来愈频繁，间歇期亦缩短。

病程可呈周期性发作，每次发作期可持续数周或数月，然后有一段自动的暂时缓解期。缓解期可为数天或几年，在此期间疼痛缓解甚至消失，以后疼痛复发。三叉神经痛很少有自愈者。部分病例的发作期与气候有关，一般在春季及冬季容易发病。

有的患者由于疼痛发作时，用力揉搓面部皮肤，可发生皮肤粗糙、增厚、色素沉着、脱发、脱眉，有时甚至引起局部擦伤并继发感染。在有些患者中疼痛牵涉到牙时，常疑为牙痛而坚持要求拔牙，故不少三叉神经痛患者都有拔牙史。