天疱疮的病理特征为棘层松解和上皮内疱形成。由于疱壁薄且脆弱易破，以及有周缘扩展现象，很难切取到完整的疱，但镜下仍然见到松解的棘细胞，这种上皮细胞没有细胞间桥，细胞肿胀呈圆形，核染色深，常有胞质晕环绕着核周围，这种游离为单个或数个成团的细胞，称为天疱疮细胞（又称Tzanck细胞）。如疱顶破裂脱落，依然可见到上皮的基底细胞附着于结缔组织的上方，往往在疱底可见不规则的乳头向上突起呈绒毛状，这些乳头表面均排列着单层的基底细胞。如将早期形成的大疱剪去疱顶，刮疱底组织进行涂片，用姬姆萨或苏木精-伊红染色，可观察到上述的天疱疮细胞。在黏膜固有层可见中度程度炎症细胞浸润，主要为淋巴细胞和少量嗜酸粒细胞。