牙颌畸形不属于典型的单基因遗传病，但它却有着明显的家族遗传倾向，属多基因遗传。牙颌器官的发育受遗传和环境双重因素的影响。一般来说颌骨的基本形态更多地受遗传因素的制约，而牙列特征受环境因素的影响较大。

有些类型的错牙合有更为明显的遗传倾向，如下颌前突、前牙开牙合。有人研究过德国皇族的家谱，发现连续九代都有下颌前突畸形出现。遗传可能决定一个人颌面部的基本形态，但很多错牙合畸形并不是天生注定会发生，而是在一些不利的环境因素的作用下逐渐形成的，所以不少牙颌畸形可以预防其发生，或阻断其发展。