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【求助】提组织RNA时,为何OD值总是小于1.8

我做了几例提取组织中RNA实验,每次测得的260/280都是小于1.8。不知是什么原因。也不知最后能否PCR出电泳条带。
是不是有污染啊,还是降解了
很可能是降解了,我最近也是在提RNA总是降解,有些细节还是要注意的
原因是多方面的:
1 有污染,从新提取,从各方面注意。
2 我以前也遇到过比值很低的情况,其实是我们的仪器不太准,如果这样的话,低了也能用
应该跑电泳看看。OD值小和降解与否无关。
od值比较不仅与降解有关,也与RNA纯度有关,一般值比较低,说明不纯,有蛋白质污染,较高,则可能是有降解;另用DEPC水溶解也能使od值偏低;我没提取的RNA有时比值较低,但纯化后一般都能达到1.8以上,在1.9左右.
1)检测RNA溶液的吸光度 280、320、230、260nm下的吸光度分别代表了核酸、背景(溶液浑浊度)、盐浓度和蛋白等有机物的值。一般的,我们只看OD260/OD280(Ratio,R)。1.8-2.0时,我们认为RNA中蛋白或者时其他有机物的污染是可以容忍的,不过要注意,当你用Tris作为缓冲液检测吸光度时,R值可能会大于2(一般应该是<2.2的)。当R<1.8时,溶液中蛋白或者时其他有机物的污染比较明显,你可以根据自己的需要决定这份RNA的命运。当R>2.2时,说明RNA已经水解成单核酸了。
2)RNA的电泳图谱一般的,RNA的电泳都是用变性胶进行的,但是根据我的经验,如果你仅仅是为了检测RNA的质量是没有必要进行如此麻烦的实验的,用普通的琼脂糖胶就可以了。电泳的目的是在于检测28S和18S条带的完整性和他们的比值,或者是mRNA smear的完整性。一般的,如果28S和18S条带明亮、清晰、条带锐利(指条带的边缘清晰),并且28S的亮度在18S条带的两倍以上,我们认为RNA的质量是好的(见下图)。此主题相关图片如下:以上是我们常用的两种方法,但是这两种方法都无法明确的告诉我们RNA溶液中有没有残留的RNA酶。如果溶液中有非常微量的RNA酶,用以上方法我们很难察觉,但是大部分后续的酶学反应都是在37度以上并且是长时间进行的。这样,如果RNA溶液中有非常微量的RNA酶,那么在后续的实验中就会有非常适合的环境和时间发挥它们的作用了,当然这时你的实验也就完了。下面,我们介绍一个可以确认RNA溶液中有没有残留的RNA酶的方法。
3)保温试验方法很简单的,按照样品浓度,从RNA溶液中吸取两份1000 ng的RNA加入至0.5 ml的离心管中,并且用pH7.0的Tris缓冲液补充到10 ul的总体积,然后密闭管盖。把其中一份放入70℃的恒温水浴中,保温1 h。另一份放置在-20℃冰箱中保存1 h。时间到了之后,取出两份样本进行电泳。电泳完成后,比较两者的电泳条带。如果两者的条带一致或者无明显差别(当然,它们的条带也要符合方法2中的条件),则说明RNA溶液中没有残留的RNA酶污染,RNA的质量很好。相反的,如果70℃保温的样本有明显的降解,则说明RNA溶液中有RNA酶污染(见下图)。此主题相关图片如下:如果你的RNA样本通过了保温实验的检测并且你在后续的实验中还是非常小心的防范RNA酶的骚扰,那么你的实验应该是很难失败了!
祝实验顺利!!!
把你的比色杯好好洗一下,泡在洗洁净里用棉签小心擦拭管壁,然后用双蒸水冲洗晾干,再比一次试试.
可能有以下原因:
1.匀浆时,样本太多,而抽提液使用量太小
2.匀浆后,样本没有静置
3.水相中可能有酚残留
4.RNA沉淀溶解不充分
5.测比值时,RNA溶解在DEPC水中,低的离子浓度和PH值增加了280nm的吸光值
用TE稀释,用TE调0
谢谢各位的指点。
会不会是TRIZOL的问题了?我买的是韩国产的,价格很便宜。
qxkillgre说:
检测RNA溶液的吸光度 280、320、230、260nm下的吸光度分别代表了核酸、背景(溶液浑浊度)、盐浓度和蛋白等有机物的值。
有错误吧!OD280指的是蛋白质的吸光度呀,OD260才是核酸的吸光度!
小于1.8大多是蛋白污染,不大影响实验结果的
分层后吸取上清液的时候不要贪心,离中间蛋白层还有段距离时就别吸了,用乙醇洗涤时多洗两遍。
我也是出现这样的情况,做了一批标本,260/280都是1.1左右,电泳结果也不是太好,只吸取200ul上清液,每次乙醇洗两遍,也换了TRIZOL,沉淀在室温溶解大约有20分钟左右,我现在怀疑是不是我的样本问题。
能说说你是什么材料吗?是不是多糖很多,或者开始的处理比较不得当?
我选取的是大鼠的腹部脂肪组织,前几次先用液氮碾磨,再转移至冻存管加TRIZOL电动匀浆。这几次是液氮处理后没碾磨直接加TRIZOL电动匀浆的。结果都是一样。
不知搂主使用的是TE缓冲液测OD吗,一般来讲如果使用DEPC处理水会使
数值偏小的。
如果使用TE缓冲液效果没有改善,有可能是有蛋白的污染。
是不是因为大鼠的腹部脂肪组织富含甘油三脂和其他脂类,所以会存在干扰?而且脂肪组织的RNA更容易降解。液氮研磨的时候要舍得加液氮,转圈研磨的彻底一些,取样时尽量新鲜,要保存在液氮里。再就是脂类会比较轻,加入trizol震荡分层后,会不会有油样的东西票在上面阿?把这层去掉。用酒精洗涤的时候多洗两遍。如果跑电泳能看到条带,说明RNA提出量还比较多的话,可以减少处理的组织量。
我使用的是人体的宫颈组织,匀浆器无法完全研磨成匀浆,我就用剪刀剪。这些都是在冰块上操作。不知这个步骤会不会影响OD值。应该不是DEPC水和检测仪器的问题,因为其他人用的也是这个,测出的OD值都不低。
应该是研磨过程中降解了吧,为什么不用液氮呢?买液氮可以租个小液氮罐嘛,甚至可以免费使用,我们这里液氮才15元/L。用液氮的话,组织就会变得很脆,用研钵就可以研磨完全了,不过记得剪刀,研钵什么都要用锡箔纸包起来180度烘4小时以上以去除rnase。
我们这边实验室里都是用的冰块,测出的OD值也不低呀。
sorry,很糊涂我的概念搞错了。od值主要用来反映纯度,跑电泳用来反映rna的完整性。你的od值小,应该是RNA不纯,不知道OD260/230怎么样。你看看上面qxkillgre的回答吧
组织能否完全研磨成匀浆是否也与比值有关?我的组织较硬,研杵研不碎,剪刀也不能完全剪成匀浆,所以每次总有一些微小的块状物。这是否会影响所提取RNA的质量了?
当然会有影响了,没有完全研磨成粉末状,与trizol反应时怎么能接触完全呢?必然导致块状物里的RNAse起作用。还是用液氮吧,我以前做的是海参的肌腱,不光硬而且还很韧,但是用液氮一冻就变得特别脆,用研钵可以完全研磨成粉末状了,趁液氮还没挥发完毕就转移到trizol里取得了很好的质量。
把异丙醇加大用量,再用乙醇多洗几次再看看。组织中RNA的量是多但是杂质也多。你可以试试!我们试过了很管用。
请问一下,用乙醇多洗几次,每次洗完都要离心吗?
请问fx1981 :异丙醇加大到多少量?乙醇洗几次比较好了?
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