补充，本人电子邮件：daliguowei@163.com
质料里比价多把
谢谢搂主
难啊!
《生物大分子的结构和功能》[陈惠黎]
《蛋白质分子结构》[阎隆飞 孙之荣]
《蛋白质组学》[钱小红]
蛋白质二级结构预测的综合分析
【08】氨基酸主成分分析法及在蛋白质结构预测中的应用
【09】生物信息学——揭示生物分子数据的内涵
【10】基于联合残基力场的蛋白质结构预测的研究进展
能上传这些吗?
个人觉得现在的蛋白结构预测是越搞越复杂！复杂的问题用更复杂的方法来解决。我们为什么不用简单的思维去解决复杂的问题呢？
如果在同源模建中所取的模板与目标序列不完全匹配，如比对时，模板多出一大段序列（相应目标序列有GAP)，或目标序列中间多出一段序列（相应模板中有“GAP”），这时应该怎么办呢？可以如何分析？能否推荐一些类似的文章，谢谢！
认同【为学而交流】的观点，本人目前正从事这方面的工作
生物信息学应当更加关注结论的生物学意义而非方法本生
生物信息学的目标应当是解释生物现象，而不是去用越来越复杂的学习模型拟合数据
现在的审稿人，很多都就盯方法！我的一朋友投了一篇文章，回来的意见是很有意义，但方法太简单，不于发表！看来有些文章中的复杂方法是不是都是逼出来的啊。要不就是简单的也要写复杂了。
我最近也在看这个 谢谢
我最近也在看这个 谢谢
我最近也在看这个 谢谢
刚开始学，多谢楼主提供学习的平台
刚开始学，多谢楼主提供学习的平台
蛋白质结构预测的一些方法
蛋白质结构预测.pdf (272.87k)
谢谢,好东东,楼主辛苦了!
谢谢,我正需要这方面的知识
xiexie
请问搂主，当蛋白结构预测出来以后,对于其结果合理性的评估有没有在
windows平台上操作的软件。谢谢！
向楼主学习！！
以前用过CPH modol 来做,是在线分析的, 感觉对序列同源性较低的蛋白预测结果不理想,不知大家用过哪些软件,有何体会?
正在学习， 谢谢lz
有人在做单抗人源化改建吗？我见有人在同源模建时将鼠单抗V区分成节段，分别与人的相应V区做同源性比较，挑选同源高的骨架序列与鼠CDRs拼完整V区。即骨架序列可能来源于不同的人的V区基因。作者用INSIGHT II软件包中的模建程序。经数次能量最小化后，目测构建体中有无冲突之处，并比较原鼠抗体V区模型中骨架区侧链对CDRs的可能影响。最后测定表达产物的活性并进一步突变修改，以期获得成功的人源化抗体。看起来工作量不小，且无绝对成功的把握。我感觉做CDRs移植并不难，但如何保证人源化后亲和性不比原抗体下降则是整个工作中最难的部分。大多数人源化失败的原因也在于此。
如何解决这一难题呢？请大家献计献策。谢谢！！！！！
daliguowei wrote:
大家做结构预测或结构类预测，所用的数据都是从哪里来的？我看大部分论文里都没有给出蛋白质的数据，我想就用别人用过的数据，也好和他们比较一下。大家看过哪篇文章里有数据。麻烦把那篇文章发给我。谢谢！
不是特别懂你的问题，但希望能有帮助。我知道如果文章里给了PDB编号（PDB file number),如1PXZ是一种花粉蛋白的PDB编号。然后根据此编号到http://www.rcsb.org/pdb 蛋白晶体结构文库去找。其中包括了该蛋白的各种数据。
谁破译了蛋白的结构,谁就是另一个爱因斯坦.
需要一个合适的数学模型，要挖掘新的或者已经有的数学理论。
为学而交流 wrote:
谁破译了蛋白的结构,谁就是另一个爱因斯坦.
完全相同的蛋白序列,因环境微微不同(这些环境中里面的东西很多是不可预知的,也是不可控制的.例如PH的小小变化或有某些物质能影响蛋白折叠),有时候结构都会有微小差别(有时候是大大的不同).我想即使破译了蛋白的结构,蛋白预测肯定会遇到瓶颈的,90%,95%,99%...........
john_jxw wrote:
需要一个合适的数学模型，要挖掘新的或者已经有的数学理论。
一句话:思路和方法.
有人能建个蛋白结构预测的QQ群吗?我QQ才13级(正向16努力).
刚开始学习这个，谢谢楼主的资料。
谢谢大家了
我是做SNP功能分析的,相通过mRNA-蛋白质一级结构-二\三级结构-三维结构的变化来预测SNP的功能,可以说是初次涉及这个领域,请多指教!我的E-mail:zhzhg2003@126.com关于这方面大家有什么好的思路,我们一起讨论一下,希望这个问题能够引起大家的关注!
我用SWISS-MODEL同源建模得到两个蛋白质的结构，我想知道这两个蛋白质结构的差异或者一致性，是不是应该参考RMSD值，哪位能教教如何计算，谢谢！（对于蛋白质结构预测完全是门外汉，唉。。。）
哪位能告诉我蛋白结构预测中，预测出的 solvent accessibility，该如何分析？有什么意义？非常感谢！
