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三大方法研究病因，均要先形成病因假设，然后再加以验证。流行病学形成的病因假设是根据自己的、别人的经验，疾病的自然史，已知的影响因素等而形成。在形成病因假设时，一般可遵循下列途径。

1.求同法

如果多种不同情况与某种疾病的存在有联系，而在这多种情况均有一个共同的因素，则这个因素很可能为该病的病因。如氟斑牙患病率高的地区，饮水氟含量高，而患病率低处则饮水氟含量低。饮水氟含量高则可能为氟斑牙的病因。

2.求异法

如果有A、B两种情况，某病的发病率在A显著高于在B，在A有某因素（F），在B没有该因素，则F很可能是该病的病因。如肺癌发病率在吸烟者显著高于在不吸烟者，说明吸烟可能是肺癌的病因。

3.共变法

当某个因素出现的频度或强度发生变化时，该病发生的频率与强度也变化，则F很可能是该病的病因。如海豹肢畸形随反应停上市量的增减而增减。在温州地区研究发现“散发性脑炎”的发病数，随四咪唑和左旋咪唑上市量而变化，从而怀疑该药物与“散发性脑炎”的发生有关。

4.类推法

当一种疾病的分布与另外一种病因已清楚的疾病的分布相似时，则这两种病可能有共同的病因。如前文所述河北省1963年流行的“不明热”被判断为钩端螺旋体病，就是根据共分布特点而作。