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激素调节糖异生作用对维持机体的恒稳状态十分重要，激素对糖异生调节实质是调节糖异生和糖酵解这两个途径的调节酶以及控制供应肝脏的脂肪酸，更大量的脂肪酸的获得使肝脏氧化更多的脂肪酸，也就促进葡萄糖合成，胰高血糖素促进脂肪组织分解脂肪，增加血浆脂肪酸，所以促进糖异生；而胰岛素的作用则正相反。胰高血糖素和胰岛素都可通过影响肝脏酶的磷酸化修饰状态来调节糖异生作用，胰高血糖素激活腺苷酸环化酶以产生cAMP，也就激活cAMP依赖的蛋白激酶，后者磷酸化丙酮酸激酶而使之抑制，这一酵解途径上的调节酶受抑制就刺激糖异生途径，因为阻止磷酸烯醇式丙酮酸向丙酮酸转变。胰高血糖素降低2，6-二磷酸果糖在肝脏的浓度而促进1，6-二磷酸果糖转变为6磷酸果糖，这是由于2，6-二磷酸果糖是果糖二磷酸酶的别位抑制物，又是6-磷酸果糖激酶的别位激活物，胰高血糖素能通过cAMP促进双功能酶（6-磷酸果糖激酶2/果糖2，6-二磷酸酶）磷酸化。
这个酶经磷酸化后就灭活激酶部位却活化磷酸酶部位，因而2，6-二磷酸果糖生成减少而被水解为6磷酸果糖增多。这种由胰高血糖素引致的2，6-二磷酸果糖下降的结果是6-磷酸果糖激酶1活性下降，果糖二磷酸酶活性增高，果糖二磷酸转变为6-磷酸果糖增多，有利糖异生，而胰岛素的作用正相反。
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