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含氮有机物在土壤微生物的作用下,首先分解成氨或铵盐,称为氨化阶段。如果氧气充足,在亚硝酸菌的作用下,氨就被氧化成亚硝酸盐,并且进一步在硝酸菌的作用下氧化成硝酸盐,这称为硝化阶段。如果氧气不足,在厌氧条件下,就不能完成硝化阶段。
含硫和磷的有机质,在氧气充足的条件下可最终转化为硫酸盐或磷酸盐而达到彻底无机化。在厌氧条件下则产生硫醇、硫化氢或磷化氢等恶臭物质,和含氮有机物产生的氨等一起以恶臭污染环境。
含碳有机物在氧气充足的条件下最终被分解、氧化成二氧化碳和水,在厌氧条件下则产生甲烷。