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1.超抗原与T细胞的耐受诱导 实验证明在胸腺内分化发育中的T细胞如与超抗原结合，可诱发程序性细胞死亡，导致克隆排除。用抗Vβ单克隆抗体在周围血中检测不出带有特殊Vβ受体的T细胞，为T细胞耐受诱导机制的研究提供了有力的实验模式。

2.超抗原与疾病葡萄球菌感染所产生的外毒素主要是可溶性蛋白分子，近年来的研究证明葡萄球菌外毒素对靶细胞并无直接毒性作用，而是通过活化多数T细胞所释放的大量细胞因子产生的生物学效应引起的毒性休克综合征等临床征状。

一些疾病，例如原因不明的川畸病，风湿性关节等疾病，发现与某些Vβ阳性T细胞的增殖相关。周围组织中存在的自身反应性T细胞克隆可为外源性超抗原激活而引发自身免疫病。也有学者认为HIV引发的人艾滋病，其发病学与其超抗原相关。