南京药学会的宗旨是坚持以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面落实科学发展观。坚持科学技术是第一生产力的思想，团结和组织广大药学科学技术工作者，实施科教兴国和可持续发展战略，促进药学科学技术的普及、繁荣和发展，促进药学人才的成长和提高，促进药学科学技术与经济的结合医学|教育网搜集整理，为我国社会主义现代化建设服务，为构建社会主义和谐社会服务。维护药学科学技术工作者的合法权益，为会员和药学科学技术工作者服务。